Extensiones

Generador ABINIT

Avogadro tiene una nueva interfaz para el código de estado sólido de código abierto ABINIT, proporcionado por uno de los desarrolladores de ABINIT, el Prof. Matthieu Verstraete

Comience con una estructura de cristal: aquí, un mineral de arcilla de la nueva biblioteca de cristales Avogadro.

Abra el generador de entrada Abinit en el menú Extensiones

Las opciones más comunes para Abinit están disponibles aquí, con una vista previa de texto (resaltada en rojo) generada al cambiar las opciones anteriores.

El generador de entrada le permite (1) elegir el tipo de coordenadas: Cartesianos en espacio real o coordenadas reducidas y (2) elegir el tipo de optimización de geometría (si existe).

Otra opción importante es establecer el esquema de ocupación (1) y las opciones de SCF (2) y (3).

Finalmente, cuando haya terminado, puede hacer clic en el botón "Calcular" (no se muestra en la imagen) si Abinit está disponible localmente en su computadora, o "Generar" para guardar el archivo de entrada para enviarlo a una cola remota.

Guarda el archivo de entrada y listo!

Entrada de lámparas para agua.

Preparar geometría inicial

La extensión Packmol desarrollada de forma independiente se puede utilizar para generar una caja de moléculas de agua.

Abra el diálogo de entrada de LAMMPS

Preparar parámetros de simulación.

1. Elija el número de unidades de repetición de las coordenadas de entrada en las direcciones x, y y z
2. Elige el potencial del agua. La versión actual es compatible con los potenciales de modelo SPC y SPC / E
3. Elija el nombre de las coordenadas formateadas de LAMMPS. El nombre se utilizará en un paso posterior cuando se cree el archivo lmpdat.
4. Elija el número total de pasos de MD.
5. Elija el nombre de archivo del archivo de trayectoria con formato XYZ.

Generar el archivo de parámetros LAMMPS.

1. Haga clic en el botón Generar
2. Elige un nombre de archivo
3. Clic en Guardar
4. Cerrar el diálogo del generador de entrada.

Generar el archivo de coordenadas LAMMPS

1. Seleccione "Guardar como" en el menú de archivo
2. Ingrese el nombre del archivo "water.lmpdat" desde arriba
3. Selecciona "Todos los archivos"
4. Guarde el archivo de coordenadas con formato LAMMPS

Ejecutar LAMMPS

Después de 2700 pasos de tiempo, la temperatura está empezando a estabilizarse.